从总体流程上看，原告向有管辖权的法院提交起诉状，法院会对起诉状进行初步审查，若符合要求这将起诉状转达给被告；被告接到起诉状后，会根据起诉状的内容提交答辩状。
东京和大阪地区法院在审理专利侵权的民事诉讼时会分为侵权判定阶段和损害赔偿确定阶段；只有在侵权判定阶段中判定被告侵权成立，才会进入损害赔偿确定阶段。
侵权判定阶段包含第一次口头辩论庭审和 5-6 个的“准备程序（” 争点及び証拠の整理手続，Preparatory Proceedings）期日。在最后一个“准备程序”期日中，若法院认定为不侵权，则进行第二次口头辩论庭审；结合第二次口头辩论庭审及在准备程序中收集的证据，法院若最后仍认定不侵权或专利被无效，则作出判决，诉讼流程结束。法院若认定被告侵权，则开启损害赔偿确定阶段，通常损害赔偿确定阶段包含2-3 个“准备程序”期日。每个“准备程序”期日之间间隔30日到 60 日不等，“准备程序”期日的具体数量也会根据案情有所调整。以下流程以东京地区法院的一般审理流程为例。
“准备程序”期日通常是法官与诉讼双方协商确定一个日期，在个该日期，双方进行沟通，推进证据和事实等内容的核实。
一、第一次口头辩论庭审
在该阶段，由原告提交起诉状后，被告根据原告主张提交答辩书。其中起诉状应当包含起诉人及被诉人信息、诉讼依据等信息；答辩书应该包含在诉讼中拟提出的全部论点，包括被控侵权产品或方法的说明，承认或否认侵权行为，并且一般会提出无效抗辩。
日本在审理专利诉讼时，被告可以向法院主张原告专利权无效，经过审理，法院可以直接宣告原告的专利权无效。中国的法院在这点与日本明显不同，中国的法院并不能直接宣告专利无效，只有中国国家知识产权局的复审与无效审理部才具备宣告专利无效的权力。
被告提交答辩书后，双方会进行第一次口头辩论庭审，在庭审中，原告和被告应提交基本的书面证据（专利登记簿、专利公报、产品的基本信息等），以及对证据的具体说明。
需要额外说明的是，该“口头辩论”庭审并不像中国诉讼流程中的庭审时诉讼双方激烈的对抗，日本在该阶段的“口头辩论”的主要内容是确认双方提交的证据及文件，以及陈述基本意见；详细的证据交换、技术问题确定等问题将在多个“准备程序”期日中进行。
第一次口头辩论庭审结束后，该案件将进入“准备程序”，法庭会任命主审法官和控制审判流程辅助法官；“准备程序”中通常包含 5-6 个期日，且法官可以根据案情对具体的数量和每个期日进行的内容进行调整。以下的程序为东京地方法院审理类似案件通常的流程，具体的期日数量及各个期日进行的主体会因案件而有所不同。
二、准备程序的第一期日—被告第一次抗辩
该阶段主要内容是被告提交证据证明其产品或方法并未落入专利权保护范围，通常也会同时主张专利无效抗辩。若提出了无效抗辩，被告需要提交主张无效抗辩的说明，同时提交必要的书面证据。
三、准备程序的第二期日—原告第一次抗辩
该阶段由原告提交说明文件，具体内容为反驳被告上次提交的文件中的主张，同时原告提交必要的证明文件。
四、准备程序的第三期日—被告第二次抗辩
该阶段由被告提交文件，具体内容为反驳原告在前一个准备程序的期日中的主张，并补充更多的证明材料。
五、准备程序的第四期日-原告第二次抗辩及技术说明会
在该阶段，原告可以反驳被告提交的证据，并补交相关的证据。当原告补充完证据后，包括专利无效抗辩在内的侵权的基本论点及其相关证据的收集基本完成。因此，作为侵权判定阶段的最后一步，法院将主持召开说明会，必要时，原告和被告都将在会上进行口头总结陈述以表明自己的论点。口头总结陈述一般控制在半个小时到一个小时。当法院听取双方的意见后，为更好地理解相应领域的技术知识，法院会根据需要召开技术顾问参加的技术说明会。
六、准备程序的第五期日-法院裁决侵权与否
法院在综合考虑双方当事人提出的包括技术性解释在内的各种论点和证据后，作出侵权初步认定，并终结“准备程序”。如果法院认定不侵权，将进行第二次口头辩论庭审，并作出最后判决，此时诉讼程序终结。如果法院认定侵权，该案件进入损害赔偿审查阶段，同时对准备程序中与计算损害赔偿有关的论点和证据进行汇总和明确。当然，该阶段法院也会促成双方和解，并指定和解日期。
七、准备程序的第六期日-原告确认索赔金额及依据
在法院确认被告侵犯原告的权利后，第六日之前，原告应该确认具体的损害赔偿的金额及依据，若原告的请求与起诉书中的请求完全相同，原告也需再次确认。在该阶段，原告和被告将就价格、数量、费用及其他确定损害赔偿数额所必需的事项进行辩论。通常各方提出关于确定损害赔偿数额所需的产品价格、数量、费用等方面提出论点和证据。然后双方互相承认或反驳对方观点或证据。
八、准备程序的第七期日-确定索赔金额
在该阶段，原告提交准备文件，根据原告和被告介绍的数量和价值，重新澄清原告关于损失金额的论点（如果澄清导致书面诉状中索赔的损失金额不同，原告应考虑修改索赔金额）。此后，法院不得接受对索赔金额的修改。
随后，被告提交准备文件，说明承认/否认原告主张的损害赔偿数额以及反驳意见（包括辩护意见，说明消除法定假设的任何事实以及损害赔偿审查阶段的所有其他论点）。
如果任何一方未主动提交确定损害赔偿数额所需的文件，经另一方请求，法院可发出提交此类文件的命令。
如果在提交材料的基础上交换了论据，但双方仍存在争议，法院可根据一方当事人的请求，通过相关专家意见确定损失。在这种情况下，当事人有义务配合相关专家进行损害赔偿的确定。
九、准备程序的第八期日-结束“准备程序”
原告对被告在上一准备程序期日提出的论点进行反驳并补充证据；同时被告也可以再次提交反驳证据。在完成以上程序后，“准备程序”结束。“准备程序”结束后，会进行第二次口头辩论庭审，法官会结合双方提交的证据以及庭审作出最终判决。
十、上诉
当事人一方对一审判决不服，有权提起上诉。涉及发明专利、实用新型专利的上诉案件由知识产权高等法院专属管辖。涉及外观专利、商标权、著作权相关的案件，知识产权高等法院负责管辖东京高等法院管辖范围内的案件，日本其他七个高等法院负责自己对应地区内的上诉案件。
