AEO认证时的程序体系主要包括防范体系、识别体系和应对体系。
防范体系
防范体系是为防范对外贸易等方面的风险而建立的程序体系，主要由以下要素组成：
梳理统计合规数据
企业应梳理统计合规数据，建立数据库，通过数据库对各个风险点进行全面有序的总结，并提前建立应对预案。例如，在跨境电商平台企业的AEO高级认证中，要求企业“建立知识产权库、价格数据库、历史交易库和企业信息库等后台业务风险管理数据库。应海关要求提供有关风险防控方面的信息和数据”。这就说明，跨境电商平台企业要根据自身经营管理的实际情况，梳理统计相关数据，建立相关的数据库，以便实现更好的识别和风险应对。
风险评估
风险评估是AEO认证的重点要求，在针对多种类型的企业认证标准中多次出现。例如，在外贸综合服务企业的AEO高级认证中，要求企业“设置专门业务风险管理部门，重点围绕合作伙伴内部控制、守法规范、贸易安全等开展风险评估与日常监控，部门职责分工明确并有效落实”。申请企业应在AEO认证关注的重点方面评估自身以及商业伙伴的风险，并形成评估过程的材料和评估报告。
合规审查
01
商业伙伴的合规审查
供应链安全是AEO认证追求的目标，因此，对于商业伙伴的安全，AEO认证给予了特别关注。例如，在进出口货物收发货人的AEO高级认证中，要求企业“定期监控或者检查商业伙伴遵守贸易安全要求的情况，并有书面制度和程序”。可见，只有认证企业供应链中的商业伙伴均符合标准，才可能真正有效地实现AEO认证的目的。
02
客户的审查
例如，在进出境快件运营人的AEO高级认证中，要求企业“建立符合法律法规要求的揽收快件验视、复核制度并有效落实，对限制类快件应当要求客户提供有关证明文件，对不符合法律法规要求的快件不得揽收承运”。
03
企业内部审查
例如，在报关企业的AEO高级认证中，要求企业“代理申报前，有专门部门对进出口单证及相关信息、监管证件、商业单据等资料的真实性、完整性和有效性进行合理审查并复核纠错”。这里的“复核纠错”，就是企业的内部审查。
报告制度
针对外贸企业的风险点和风险领域，AEO认证特别强调了报告制度，要求企业建立风控部门和重大事项报告制度，并且报告内容可以直接通达至管理人员，甚至监管机关。同时，AEO认证的标准要求，也可通过报告制度从上而下地贯穿整个企业，以使合规要求在企业中得到重视，最终得到有效执行。
AEO的报告要求主要体现在两方面：
01
认证标准有信息及时报告、沟通的要求
例如，在AEO高级认证的通用标准中，要求企业“在出现货物、物品溢、短装，法检商品安全、卫生、环保等指标不合格或者其他异常现象时要及时报告或者采取其他应对措施，并有书面制度和程序”。这就要求申请认证的企业在出现货物指标不合格，或者其他异常现象时，信息能够及时反馈至管理层。
01
AEO认证要求企业及时向监管机关报告
例如，在进出境快件运营人的AEO高级认证中，要求企业“建立对有违法嫌疑或高风险快件处置制度，发现上述情况及时采取处置措施并向海关报告”。
合规培训
针对不同类型的企业，AEO认证均有相应的培训要求。既有对自己员工的培训，也有对客户的培训。例如，在AEO高级认证的通用标准中，要求企业“建立海关法律法规等相关规定的内部培训制度并有效落实”。又如，在跨境电商平台企业的AEO高级认证中，要求企业“建立面向跨境电子商务企业、跨境电子商务企业境内代理人（以下简称‘电商企业及其境内代理人’）的海关法律法规等相关规定的常态化培训制度并有效落实，建立培训效果评估机制”。
既有针对不特定人的培训，也有针对特定人的培训。例如，在AEO高级认证的通用标准中，要求企业“对员工进行信息安全相关的培训”。又如，同样在AEO高级认证的通用标准中，要求企业“法定代表人（负责人）、负责关务的高级管理人员、关务负责人、负责贸易安全的高级管理人员应当每年参加2次以上海关法律法规等相关规定的内部培训，及时了解、掌握相关管理规定”。
