根据上海航运交易所的数据统计，截止2013年进行备案的海运附加费名目高达177个。但中国对外贸易经济合作企业协会认为其中23项为不合理收费。因此虽然市场主体理解附加费的收取，但是对于其中一些项目还存在争议。
集装箱海运附加费的发展
自集装箱出现不久班轮市场就已经有了海运附加费，但是其费用的收取却一直被各市场参与主体所争议。目前班轮公司一般使用CY-CY(场站至场站)间的交接条款，集装箱运价成为其价格条款，当班轮公司面临非自身因素带来的成本变动时，便产生了海运附加费。
集装箱海运附加费的分类
根据上海航运交易所的数据统计，截止2013年进行备案的海运附加费名目高达177个。但中国对外贸易经济合作企业协会认为其中23项为不合理收费。因此虽然市场主体理解附加费的收取，但是对于其中一些项目还存在争议。以下以THC为例，对相关争议内容进行分析。
THC的争议：
从件杂货发展至集装箱贸易，集装箱班轮运输承运人的责任延伸至堆场，开始实行的CY-CY(场站至场站)交接条款，但国内外对港口THC费用的承担责任并没有形成一致做法。以某班轮企业2017年运价表为例，其对欧美亚洲等国家港口货物征收THC(详见下表)，但一些国外货主协会也提出了对THC的反对意见。2002年开始班轮公司全面向中国港口征收运价以外的THC，同时这一做法也遭受到了国内货主的反对。
当存在FOB卖方作为实际托运人进行货物交接时，按照Incoterms 2010的规定卖方应当负责将货物放置在船上之前的成本，因此在装货港产生的装卸费应当由卖方承担。但由于运输协议的缔约双方是承运人与买方，买方负责向承运人支付运价，且买方要求承运人提供的服务又涵盖了船上环节的交接部分。但是按照Incoterms 2000的规定买卖双方的责任成本划分点在船舷，因此在起运港发生的费用与买卖双方都有关系，如若没有明确规定，在起运港的装卸费的承担方也是不明确的。
国内外对于海运价格的监管规定
1、美欧国家
1978年美国国会开始取消对铁路、航运、公路和航空的价格管制，1916年美国立法法案对于各类运输附加费有明确规定，但自1998年以后班轮运价及附加费收取就完全市场化了，改成了备案制，只要买卖双方经过充分协商确定即可。
《1998年航运改革法》取消了向联邦海事委员会(FMC)报备运价本的要求，代之以要求承运人发展自有的自动电子运价本系统，公众支付合理费用后有权进入该系统。联邦海事委员会有权对与该法不符的系统采取适当的强制行动。服务合同的完全公开也改为有限公开，允许涉及费率等重要内容不予公开。建立了电子服务合同报备系统，并且仅公开基本条款，服务合同运价和托运人进行保密。
在欧洲，承托双方的缔约自由更受重视，政府不对市场定价进行干扰，只要价格有效就没有问题，更主张市场的自我调节，不过班轮公司之间的价格商议是被严令禁止的。1994年，德国取消国家对运价的控制，进一步开放市场并加大市场竞争。
不难看出，欧美国家在对运价和附加费的监管调控上，逐步从“政府监管为主，市场导向为辅”转变为“市场导向为主，政府监管为辅”，政府更加放松管制，鼓励市场化自由协议，最大程度发挥市场的自我调节功能。在服务合同(即国内所说的协议运价)方面，也给承托双方更大的缔约自由。
2、中国
《中华人民共和国国际海运条例》于2001年出台，提到运价备案制度，到2009年正式出台运价备案实施办法，再到2013年将运输附加费加入备案体系，我国的集装箱运价备案制度不断完善。以班轮公司向交通运输部进行THC报备为例，班轮公司应向报备机构提供与港口码头装卸包干费(以国家发展改革委、交通运输部关于外贸费收规定的相关项目为准)相匹配、成本项目明确、调涨依据充分、幅度合理的证明材料，包括拟调涨THC前后与港口经营人签订的码头装卸作业协议。
监管机关的惩罚措施为：未按规定履行运价备案手续或未执行备案运价的，将依照《国际海运条例》第49条规定，责令限期改正，并处2万元以上10万元以下的罚款。
至2016年底，上海航交所共计受理国际集装箱班轮企业备案运价2.4亿余条，备案企业100余家。但从监管结果来看市场上仍存在一些违规现象，2015年交通运输部分批次约谈了50余家班轮公司，并发文要求班轮公司规范海运附加费收费行为。
2017年2月，交通运输部对法国达飞海运集团等14家国际集装箱班轮运输公司，因违反运价备案的违法违规行为作出处罚，并对其中违法情节严重的8家班轮公司进行了约谈。
对于集装箱海运附加费的认识
一般承托双方签署的是CY-CY的交接条款，但其中集装箱班轮公司作为综合物流承运人，除了海上运输区段的成本外，也会涉及到陆上运输、口岸环节、装船环节等，需要配备相应的人力、物力，在费用提前代为支付给第三方的基础上也产生了一些额外成本或增值服务。
另外，中国货主货代与集装箱班轮企业之间运输附加费的矛盾，更多是因发货人和收货人之间的贸易模式和贸易地位不对等所导致的，买方更具强势地位。中国货主一般都是采用FOB贸易术语下的卖方，采用FOB术语虽然能够在国外买方进行询盘时，给出一个看似较低的报价，但是当中国货主以CIF此类贸易条款达成贸易合同时，既可以掌握选择承运人的权利也掌握了运输定价权，通过与承运人订立运输合同，掌控船期、货物出运和周转时间;通过合同运价和附加费的锁定，掌控了运输成本。海运附加费的问题看似是船货双方的矛盾，其本质上反映国际贸易买卖双方话语权不对等问题。
