吉布提地处非洲东北部亚丁湾西岸，是世界最不发达国家之一，其国内自然资源贫乏，工农业基础薄弱。实行自由贸易政策，港口转口贸易占很大比重。主要进口食品饮料、机械设备、电器产品、运输设备、石油产品、金属制品、纺织品和鞋类等，出口食盐、牲畜、皮张等。
1、通关程序
1）申报
所有进出口商品，在货物运抵设有间接税局机构的地方或间接税局指定的场所后3天内，必须向该局提交详细申报证明。除非另有特殊情况，申报工作应在提货或装货之前完成。进出口商品的申报应由货物物主进行，物主可以是个人、公司或是间接税局批准的代理商。
2）申报单审核和货物检验
在登记申报后，间接税局负责审查申报人提交的发票和其它有关材料。如有必要，可对申报商品的全部或部分进行检验，货物检验应在申报人或其代理人当面进行。如发生争议，申报人有权拒绝承认部分检验的结果，并可要求对申报单上的各项说明进行全面核查。对商品的检验只能在间接税局指定的仓库和场所内进行，不得随意转移。商品检验时的各种操作费用均由申报人承担。
如间接税局对申报单中有关产品种类、原产地和价值的说明提出异议，可质询申报人；申报人应在24小时内予以答复。如申报人接受异议，应在申报单上注明；如不接受，则该争议将移至吉法院民事诉讼庭审理。
3）关税征收
这个环节分3个步骤：
①结算。间接税局根据申报单内容和商品检验结果，计算出进出口货物应缴的关税、附加税和其它税种，填写一份结算清单。然后，间接税局将结算清单记入清单日登记表，送到国库税务官处，由它负责征收；
②征收。关税、附加税和其它应缴税，如有必要，还要加上罚金的征收统一由吉国库负责；
③缴纳。关税的缴纳应现金支付或使用保付支票，付款人应在国库开出关税记名统计单后8天内结清所有应缴税款。不过付款人在经得国库税务官同意后，可在4个月内分期付款（应缴关税金额在5万吉郎以上的进出口业务才有资格申请这种付款方式，每月还要支付1％的利息）。
4）提货或装货。在间接税局开出批准通知书后，付款人即可在间接税局的监督下提货或装货。要求预先提货或装货的申请人，必须提交有关进出口商品检验和认可的全部资料，同时保证在提货或装货后的48小时内完成报关手续。申请一旦获得批准，间接税局应立即向受益人开出一张提货或装货凭单。
2、通关文件要求
1）根据吉布提港口规定在该港转运的货物，所有文件及包装唛头上应明确填写最终目的港，如WITH TRANSHIP－MENT TO HOOEIDAH，但必须注意，不能将上述内容填在提单目的港一栏内，而只能在抬头上或提单其它空白处表明，否则海关将视作吉布提本港货，而且要收货人交付进口税后才放行。
2）所有至吉布提以及在此中转的货物必须提供6位的HS CODE，并显示在提单上。如果是多种货物混装，涉及到不同的HS CODE，请按照HS CODE 分别提供货物信息，避免申报不全。
3）不接受通过吉布提转运至也门，同时收货人和通知方不能是也门当地公司或个人。
4）吉布提海关规定，任何商品的进出口都应持有间接税局开出的进出口许可证。
①其中活动物家禽及动物制品、肉类食品的进口或转口还应有吉畜养局出具的卫生许可证；
②一些关系到国计民生的进口商品的价格，如粮食、食用油、糖、茶叶、火柴、木材和肥皂等，由物价管理局规定；
③药品、保健用品的进口须持有药剂师开出的证明；
④某些建筑材料，如矿产品、金属、水泥、沥青、玻璃和陶瓷等在进出口前应交由建筑和公共工程实验室检验。
⑤该国家不接受任何包装条款的电池件，包括内置电池。
⑥海关严禁进口未获原产地有关机构开出的，证明商品未受病菌损害的卫生检疫证书的商品；严禁进口有关濒临灭绝动植物及其制品，如象牙、虎骨、龟甲、犀牛角、珊瑚以及它们的制成品；武器弹药、作战装备、制服以及其它军用物资和产品、私人打猎和自卫用武器的进口须获得吉内政部和间接税局的批准。
5）ECTN证书
①电子货物跟踪单（ECTN）是一份正式的装载文件，该文件包含了深入的货物信息，包括货物如何在港口间运输及花费了多长时间等等。
②吉布提港口和自由区管理局要求，自2023年6月15日起，所有在吉布提港口卸货的货物，无论其最终目的地为何，均必须持有电子货物跟踪单（ECTN）证书。
③办理ECTN证书的费用为每个标准货柜（TEU）100美元，每个大型货柜（FEU）150美元。
3、海关规定
吉国的进出口或转口、转运商品的监督管理工作由吉经济、财政、计划和私有化部所属的间接税局负责，该局各进出口岸均设有机构，运用电脑联网管理。间接税局内设税务处，负责具体执行与间接税有关的法律法规、各种间接税的征收和管理工作。
1）进出口商品均应被征收关税（吉布提不设单独关税，其关税实际上是指由海关代为收缴的国内消费税）、附加税或有关直接税。如进口商品来自与吉签订了优惠关税协定的国家和地区，可享受关税减免。
2）进出口商品应被运到设有间接税局办公室的地方或间接税局指定地点。只有经海关允许，货物才能在间接税局规定的地点和时间装卸。
3）间接税局允许持有货物通运保单的进出口商临时免交关税，保单持有人保证在规定时间内补纳应缴捐税。此类商品包括：将要转口或进入工业保税区或存入保税仓库的进出口商品；临时输出入的商品。
4）间接税局有权扣留假冒伪劣和不符合海关申报程序的进出口商品，开出扣留通知书，对扣压的商品可没收充公、拍卖或按一定比例分配。间接税局对偷漏税、拒不纳税或走私行为进行独立调查取证，并向吉法院一审法庭提起上诉。
4、关税计征制度
吉布提的平均进口关税率为28％，包括国内消费税（TIC-5％至40％）、进口附加税（5％）、特别附加税（因商品不同而异）；出口无关税，仅对部分出口商品征收团结税或营业税（0至10％）。根据1999年财政预算的规定，吉对进口商品的征税作了一些调整，大致可分为：
1）免征关税的商品：不以营销为目的的电影片、书刊报纸、货币等；
2）鲜蔬菜水果、可食用植物（包括根、茎）等征收5吉郎/公斤；
3）一般生产和生活必需品：粮食作物（大米、小麦、高粱和玉米等），面粉、活动物家禽、草木花卉、食品工业废品、动物饲料、药品药剂、农用化肥征收5％-10％；
4）肉类（含动物内脏和肉类制成品）、海产品及其制成品、蛋奶制品、蔬菜水果制成品及罐头食品、动植物油、纺织品、衣服鞋类、建筑材料（如木材、水泥及用于建筑的矿产品等）和重型机械等征收20％；
5）绝大部分进口商品（包括卡特草、矿产品、化学和橡胶制品、皮革制品、纸张、轻工产品、家具和车辆船舶等）征收33％；
6）贵重金属和奢侈品（电子电器产品、首饰、艺术品等）征收40％。
7）吉对如下进口商品除征收国内消费税和进口附加税外，还加征特别附加税。特别附加税最高可达到商品原价值的160％，主要是针对某些品牌的酒类产品。另外进口卡特草除缴纳上述税外，还要被征收团结税和营业税。
8）吉出口商品中近一半是私人物品或海关没有计划规类的商品，其次为活牛羊、牛羊皮、轻纺产品、农副产品、旧车辆等。吉对绝大部分出口商品实施零税率，仅对烟草、酒及含酒精饮料的出口征收10％的消费税。（B）海关通关程序
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