巴拿马运河管理局一直密切关注航运业目前因新型冠状病毒疫情而面临的挑战，并准备应对各种可能出现的情况。
尽管该航道仍然开放以促进全球贸易，但前方仍有许多不确定因素，其中之一是航运公司有可能使用替代航线来节省成本，并根据快速变化的航运时间表调整其航线。
该运河管理局表示，它正在评估疫情的演变，以便“全面了解情况，同时确保使用最新的数据为运河的决策提供信息。”
巴拿马运河的主要替代方案包括苏伊士运河和好望角。
一周前，有报道称，法国航运业巨头CMA CGM公司正在绕过苏伊士运河，将其三艘集装箱船从新加坡驶往非洲周边的勒阿弗尔。
绕道非洲周边的航行距离增加了3000海里，这也意味着随着航速的增加，为了满足交付计划，船舶会燃烧更多的燃料。
在非洲和南美南端部署船只以躲避苏伊士运河和巴拿马运河的通行费是不常见的，但并非完全前所未有。
这一趋势在2015-2016年间有所回升，因为班轮转向更远的距离，以缓解吨位过剩的问题，而在“大封锁”期间，这可能也是一种选择。
燃烧更多的燃料，特别是在“IMO 2020限硫令”新规生效后，几个月前的成本会更高。
不过，随着油价战推低合规燃料的价格，绕行甚至可能会变得更经济。
此外，巴拿马运河管理局表示，正在密切关注中美贸易关系的状况、IMO 2020法规的执行情况、油价、节水措施的执行情况以及调整草案。
目前来看，经过该运河的吨位数量暂时没有受到明显影响。
巴拿马运河2020财年（FY20）上半年的过河吨位为2.584亿吨（PC/UMS统计）。
从2019年10月到2020年3月，共登记了2.584亿吨，相比之下，当前2020财年上半年联运为2.474亿吨（PC/UMS统计）。
与此同时，巴拿马运河过境船舶登记量为7528艘，而预计的过境船舶数为7029艘。
在总吨位方面，2020财年（2019年10月至2020年3月期间），集装箱板块以8210万吨（PC/UMS统计）继续领先，其次是散货船，为4180万吨（PC/UMS统计）、化学品油轮为3990万吨（PC/UMS统计）。
巴拿马运河在2019财年结束，总吨位达到创纪录的4.69亿吨（PC/UMS统计），较上一财年增长6.2%。
巴拿马运河管理局局长Ricaurte Vásquez Morales表示，"尽管目前行业面临挑战，但我们的数据表明，全球贸易仍在发展，巴拿马运河仍在发挥着自己的作用，以确保全球供应链的连续性。"
"虽然我们在未来几周内面临着不确定性，但我们现在比以往任何时候都更致力于确保巴拿马运河保持开放，为全球各地依赖我们提供基本货物的各界提供可靠的服务。"
为应对此次疫情，巴拿马运河在整个运营过程中采取了一系列的安全程序，包括将现场人员减少为仅对过境运营至关重要的人员，并严格遵守安全和保护要求。
巴拿马运河的工作人员和客户的船员、所有运河人员，包括可能需要登过境船只的引航员、登船人员等，都是以小组形式被载运，以减少新冠病毒传播的风险。
所有到达巴拿马运河水域的船只也必须报告其上一个挂靠港，以及在到达具有COVID-19传播警报的任何港口之前两周内船员的任何变化。
