东莞到上海海运，一般的集装箱船运路线是东莞虎门--广州黄埔--上海，或者虎门--黄埔--上海，都是中转的，只是中转的港口不一样，沿海地区海运路线的船期平均下来每周有3班从广东发往长三角的港口，除了上海港还可以到太仓、张家港、南通等等长江沿线的码头。有关东莞港集装箱航线：
东莞港经营业务包括码头、物流、石化、公用和建材五大部分 。其中，内河港区主要转运成品油、矿建材料、水泥、粮食、化肥等；其中石龙作业区为“水铁联运”中心，也是中东物流的集散基地 。外海港区主要货物品种包括：木材、钢铁、化工原料及其制品、轻工、医药产品、矿建材料、石油、天然气、煤炭、水泥、棉花和粮食等 。东莞国际集装箱码头主营业务有：集疏运网络、班轮驳船及拖车服务、物流配套服务、出口拼箱业务、散集一体化装箱服务、进口保税和进口拆箱服务、危险品作业和散件杂货业务。
东莞港沙田港区主要发展集装箱、物流仓储、精细化工、临港工业、商贸配套等；麻涌港区主要发展粮食、煤炭以及建材等散杂货运输及粮油加工业；沙角港区主要发展旅游休闲的滨水商贸区；长安港区侧重发展大型深水泊位和临海工业，为远期发展区域；内河港区主要为东莞提供综合性传统运输服务 。
东莞港航线分布，东莞港已开通2条台湾航线和2条东南亚航线，另每天约有20个外贸驳船航班往返于东莞港与香港、深圳或南沙之间；已有19条内贸航线，通往天津、营口、太仓、京唐、北部湾等地，其中天津和太仓线每天班、营口线一周四班 。截至同年10月，东莞港集装箱班轮航线总数23条，覆盖中国国内沿海、台湾和东南亚等地区港口 。
东莞港湾区快线2至3号线正式开航；新增4条内外贸、滚装航线，包括“东莞港-营口港-锦州港”航线、越南海防航线和2条滚装航线。
