通过以上对条例出台背景及发展的回顾和官方解读的介绍，我们可以看出，此次修改是条例发展历程中的一个重要事件，对于今后海关稽查工作的开展具有重要的指导意义，对于进出口企业来说，也将带来直接的影响。
根据我们对修改内容的理解，此次修改表现为七个方面的主要变化：
一、规范统一执法依据
1.在海关稽查的定义上采取与海关法一致的表述。对于这一点的历史背景和发展中的“插曲”，我们在前面已经做过介绍，不再赘述。
2.在制定依据中增加“根据《中华人民共和国海关法》”的表述，表明行政法规立法的授权出处，弥补了1997年条例无上位法授权的遗憾。
3.将“封存”修改为“查封、扣押”，使海关稽查可以采取的行政强制措施与《行政强制法》相一致。
4.将“经海关关长批准”修改为“经直属海关关长或者其授权的隶属海关关长批准”，放宽了原条例规定对“关长批准”界定的限制。
5.将“与进出口活动直接有关的企业、单位”修改为“与进出口货物直接有关的企业、单位”，与海关法及条例其他条款的表述相一致。
二、创新稽查手段和内容
6.根据已经开展的贸易调查实践，增加“海关根据稽查工作需要，可以向有关行业协会、政府部门和相关企业等收集特定商品、行业与进出口活动有关的信息。收集的信息涉及商业秘密的，海关应当予以保密”的规定，为贸易调查提供立法支持。
7.根据已经开展的引入社会中介开展稽查工作的实践，增加“海关进行稽查时，可以委托会计、税务等方面的专业机构就相关问题作出专业结论”，“被稽查人委托会计、税务等方面的专业机构作出的专业结论，可以作为海关稽查的参考依据”的规定，为引入社会中介开展稽查提供立法支持。
8.根据正在开展的主动披露试点，增加“与进出口货物直接有关的企业、单位主动向海关报告其违反海关监管规定的行为，并接受海关处理的，应当从轻或者减轻行政处罚”的规定，为主动披露改革试点的顺利开展提供立法支持。
9.配合海关企业信用管理制度的实施和风险管理理念的“落地”，将“海关应当按照海关监管的要求，根据进出口企业、单位和进出口货物的具体情况，确定海关稽查重点，制定年度海关稽查工作计划”的规定修改为“海关应当按照海关监管的要求，根据与进出口货物直接有关的企业、单位的进出口信用状况和风险状况以及进出口货物的具体情况，确定海关稽查重点”。
10.根据科技发展在企业管理方面的应用实践，在海关稽查可以扣押、查封的对象以及企业有义务提供的对象中增加“电子介质”。
三、提高处罚幅度、增加处罚依据
11.针对提供虚假情况，拒绝、拖延提供资料以及转移、隐匿、篡改、毁弃资料的行为限期改正而逾期未改正的情况提高处罚幅度，企业罚款从“1万元以上3万元以下”提高到“2万元以上10万元以下”，主管人员和其他直接责任人罚款从“1000元以上5000元以下”提高到“5000元以上5万元以下”，并增加了“构成犯罪的，依法追究刑事责任”的规定。
12.针对未按照规定设置或者编制账簿，或者转移、隐匿、篡改、毁弃账簿的行为，增加了“依照会计法的有关规定追究法律责任”的规定。
四、调整稽查程序和文书
13.对征求被稽查人意见的程序作出调整，将原来所有稽查结果均“应当征求被稽查人的意见”的程序修改为仅对“稽查报告认定被稽查人涉嫌违法的”应当“就稽查报告认定的事实征求被稽查人的意见”。
14.增加“海关应当在稽查结论中说明作出结论的理由，并告知被稽查人的权利”的规定，海关稽查结论的格式将因此作出修改。
五、明确相关概念
15.明确了原来径行稽查“在特殊情况下”的具体内容为“在被稽查人有重大违法嫌疑，其账簿、单证等有关资料以及进出口货物可能被转移、隐匿、毁弃等紧急情况下”。
16.对多处出现的“帐簿、单证等有关资料”针对不同情况作出不同定义：拒绝、拖延向海关提供的“帐簿、单证等有关资料”增加“以及相关电子数据存储介质”；转移、隐匿、篡改、毁弃的“帐簿、单证等有关资料”修改为“报关单证、进出口单证、合同、与进出口业务直接有关的其他资料以及相关电子数据存储介质”；未按照“规定设置或者编制帐簿、单证等有关资料”修改为“未按照规定编制或者保管报关单证、进出口单证、合同以及与进出口业务直接有关的其他资料”。
六、部分文字改动
17.根据报关制度改革，将“取消其报关资格”修改为“撤销其报关注册登记”。
18.删除意义重复的“从事”字样，“或其指定的代表”修改为“或者其指定的代表”，“行政处分”修改为“处分”，“违反海关监管的行为”修改为“违反海关监管规定的行为”。
七、删除不适用的条款
19.删除企业、单位应当按照海关要求报送有关资料的规定。
20.删除由海关总署组织实施的规定。
