误区一：只有违法的企业才会被稽查，企业守法经营，就不会被海关稽查。
海关稽查当然是要查发违法企业的违法行为，但在选择确定稽查目标时，面向的是所有的进出口企业。为了查发问题，海关在稽查之前会进行多角度的分析，筛选高风险目标，确定具体风险点，而这些过程都与企业守法状况的自我认知没有半点关系，况且，企业自认为守法和海关是否认为企业守法完全是两回事，自认为守法经营所以不用担心海关稽查的想法反而可能使企业因为缺乏必要的风险意识而陷于更加危险的境地。
误区二：海关既然有权稽查，那么只要是海关就可以到企业来稽查。
虽然法律授予了海关稽查企业的权力，但是，同时也规定只有两类海关才有权对企业进行稽查：一是注册地海关，二是通关地海关，除此之外，即使是海关，也无权对企业进行稽查。判别是否是有权稽查的海关的方法是看《稽查通知书》中发出通知书的海关，如果是企业的注册海关，或者是企业有过进出口行为的海关，则属于有权稽查的海关。
误区三：只要是海关关员，都可以对企业实施稽查。
海关稽查当然应当由具有关员身份的人员实施，但是，并非所有的海关关员都可以对企业实施稽查，只有拥有稽查证的稽查人员才可以，否则，即使是海关关员也无权对企业实施稽查。法律规定，海关对企业进行稽查时，稽查人员应当主动向企业出示稽查证，如果未出示，企业可以要求出示，如果仅出示海关工作证，则仍不能证明其有权实施稽查。
误区四：企业的所有进出口业务都要接受海关的稽查。
海关稽查的内容当然是企业的进出口业务，但并非所有的进出口业务都在海关稽查范围之内，法律规定了稽查的时间范围，即“自进出口货物放行之日起三年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内及其后的三年内”，在这个时间范围内的进出口业务海关有权稽查，超出范围的业务则无权稽查。需要注意的是，看似都有“三年”的规定，实际针对不同贸易方式，海关稽查的时间范围并不相同。
误区五：海关稽查只针对进出口活动，国内贸易不在海关稽查范围之内。
海关稽查时，为了实现监督进出口活动的真实性和合法性的目的，除了对进出口货物和相关资料单证进行核实之外，对于企业的国内贸易并非完全不予理会，当国内贸易可能涉及进出口货物时，海关可以予以一并核实，例如：通过核实国内销售情况，核实有无擅自内销保税料件和成品的问题；通过核实国内采购情况，核实加工贸易生产中有无擅自串换使用非保税料件的问题等。
误区六：海关稽查只查货物，进出境运输工具和物品不会被稽查。
法律确实只授权海关对进出口货物实施稽查，海关监管对象中的另外两类—进出境运输工具和物品不在海关稽查对象范围之内。但是，因此就简单地认为稽查一定不会涉及运输工具和物品就错了，实际上，当具备贸易属性时，运输工具和物品都有可能被纳入海关稽查范围。例如：实际付汇购买但却由旅客作为行李物品随身携带入关的物品，因为具有贸易属性，同样会被作为货物纳入稽查范围，而且，此种情况还会因涉嫌瞒报进口而被作为走私处理。
