一、民事救济措施
专利权人可以主张的主要民事救济措施是实施禁令和请求损害赔偿，此外也可以主张让侵权人公开发表声明以恢复专利权人的名誉或商誉。在惩罚性赔偿方面，日本明显与美国、中国等不同，其并未设置惩罚性赔偿制度，其赔偿金额是基本是补偿性的，最多会支持大约不超过总赔偿额 10%的律师费。
在举证责任方面，由于是专利权人主张赔偿和救济，因此由专利权人承担举证责任。专利权人需要提交证据以证明以下事项：①存在合法权利，且被侵害；②被告存在故意或过失；③自身权利被侵害（即①）和被告的行为（即②）之间存在因果关系；④专利权人存在利益损失；⑤利益损失（即④）是由权利被侵害（即①）引起的。
（一）损害赔偿的计算方法
假如专利权人发现对方有侵权行为，并且侵权人销售或转让了侵权产品，则赔偿金额应当由以下两部分组成：
（1）专利权人单个专利产品的利润*不超过专利权人生产能力的产品数量；
（2）专利实施许可费用*不超过专利权人生产能力的产品数量。
上述赔偿额充分体现了日本在侵权赔偿方面的“补偿性”原则。
在 2019 年之前，日本专利法规定的是假如专利权人没有能力生产侵权人销售的产品数量，则对于专利权人只能获得自己生产能力范围内的赔偿及超出部分的授权费用，侵权人依旧还可以获得超出部分的产品利润；这种情形明显对于专利权人不公平。因此日本 2019 年修改了该部分内容，即侵权人获得利润推定为专利权人被侵权的损失。此处的侵权人的利润的计算方法是具体的产品的销售额减去生产产品的必要成本，这样更有利于专利权人获得更高额的赔偿。
（二）合理授权费用
对于过失侵权造成的损失，法院一般会判罚侵权人给予专利权人合理授权的费用。在判断合理授权的费用时，法官通常会考虑以下因素判断合理的授权费用：
专利发明许可协议中规定的专利使用费率，如果没有许可协议，则应考虑行业中可比的专利使用费率；
专利的价值，即专利发明在技术上的贡献或意义，以及是否可以用其他技术替代；
专利发明用于产品时对销售和利润的贡献，以及侵权的方式；
专利权人与侵权人之间的竞争关系，以及专利权人的商业策略。
（三）禁令
专利权人或独占许可人可以请求侵犯或者可能侵犯其专利权或独占许可权的人停止侵权行为；同时可以采取必要的措施防止侵权，具体手段包括销毁侵权产品，拆除侵权的设备。
（四）海关措施
专利权人可以就涉嫌侵权的进口商品向海关主张禁止进口产品。当海关收到该申请时，会从日本专利法专家库中指定三名专家来决定是否采取禁止进口方案。海关禁止进口需要满足：①目标产品构成专利侵权；②侵权行为已经被认定；③海关能够查验出侵权产品；④请求人是专利权人；⑤涉案专利目前处在有效期。海关也会给进口商答辩和无效该专利的机会。
日本的海关采取措施的通常远快于正常的诉讼程序，一旦海关认定侵权，则涉嫌侵权的商品基本不可能被进口到日本。由于该措施较为严厉，在采取该措施时，日本海关通常会较为谨慎，若法律诉讼程序并未终结，日本海关通常会搁置该程序，以等待最后的法律判决作出后，再根据判决作出是否禁止进口的决定。
二、侵权诉讼应对策略
总体上看，日本对于知识产权的保护体系较为完善，专利权人在面临可能的侵权者时，可以考虑以下方面：
①评估专利有效性：在提起专利诉讼之前，非常重要的一步是评估拟起诉的专利的有效性。这包括确定专利是否有效，是否存在无效性的争议，以及它是否能够支持侵权指控。在此阶段，通常需要与专业专利律师合作，确保专利有效且拟诉侵权方侵权了自身有效的专利。
②证据搜集和保全：在专利诉讼中，证据至关重要。需要开始收集相关证据，包括专利文件、相关技术文件、通信记录等。同时，确保证据得到适当的保全，以防止证据丧失或被篡改。由于专利侵权的证据通常由被诉方掌握，因此在诉前对专利证据的保全相当重要，否则在诉讼过程中，对方通常会采取隐匿、销毁及篡改等手段来阻碍己方获得证据。
③选择法院和提起诉讼：填写起诉状，并向符合管辖规定的法院提起诉讼，同时需要更加详细的了解法庭程序、注意事项等内容。在提起诉讼时，可以根据情况申请临时禁令或请求海关采取措施，从而更好的维护自身权益。
④准备庭审和辩护：针对庭审的准备至关重要。这包括为证人准备、制定辩护策略、准备辩词和展示材料。该过程通常也需要当地的律师在庭审中代表己方进行辩护。
⑤考虑其他解决途径：如果在一审中没有解决争议，可以考虑是否上诉。此外，由于日本的诉讼周期较长，流程较为繁琐，聘请律师的价格较高，因此申请人可以根据胜诉的概率和赔偿的金额综合判断，谋求在诉讼过程中寻求调解或和解，以减少诉讼的时间和成本。
当成为被诉侵权人时，通常会先收到对方的警告书。在收到警告书之后，需要立即核实是否存在侵权行为。除了上文提到的诸如证据搜集和保全、准备庭审和辩护等事项外，还可以根据情况采取如下措施：
①若经过分析，发现己方的产品不存在专利侵权的风险，则可以选择发起“确认诉讼”。确认诉讼是指被诉侵权人向法院提起诉讼确认己方不侵犯对方的专利权，若法院判决确认己方不侵权，则可以终结对方的指控。
②若己方的产品存在一定的专利侵权可能性，但同时存在通过诉讼获得胜利的可能性，则可以选择主动应诉。在应诉过程中，具体的抗辩理由包括主张对方专利无效、采用的技术为现有技术等。在诉讼过程中可以根据情况选择和解，以避免长期的法律纠纷和可能的损失。
③此外，还可以选择提起反诉，即利用己方已经拥有的专利向对方提起侵权诉讼。然而，这种情况的前提是对方的产品有一定概率落入己方专利权的范围内。
