一、《公告》出台的背景
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号，以下称39号公告）出台后，为方便纳税人办理留抵退税业务，税务总局制发了《国家税务总局关于办理增值税期末留抵税额退税有关事项的公告》（以下称《公告》），就留抵退税政策实施过程中涉及的相关征管事项进一步予以明确。
二、符合什么条件的纳税人可以向主管税务机关申请留抵退税？
同时符合以下条件的纳税人，可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额：
（一）自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万元；
（二）纳税信用等级为A级或者B级；
（三）申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形的；
（四）申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上的；
（五）自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返（退）政策的。
增量留抵税额，是指与2019年3月底相比新增加的期末留抵税额。
三、允许退还的增量留抵税额如何计算？
纳税人当期允许退还的增量留抵税额，按照以下公式计算：
允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60%
进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。
四、纳税人如何向税务机关申请办理留抵退税？
《公告》明确，纳税人申请办理留抵退税，应在符合条件的次月起，在申报期内完成本期申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》，并对如何填写该表进行了详细说明。
此外，《公告》明确了留抵退税申请和出口退税申报的衔接问题，即纳税人适用免抵退税办法的，可以在同一申报期内，既申报免抵退税又申请留抵退税；当期可申报免抵退税的出口销售额为零的，应办理免抵退税零申报。
五、税务机关是否需要对纳税人进行审核确认？如何审核？
在办理留抵退税过程中，税务机关对纳税人是否符合留抵退税条件、当期可退还增量留抵税额等进行审核确认，并区分不同情形进行处理：
1.准予办理留抵退税。对于符合退税条件，且不存在公告所列情形的，税务机关应在一定期限内完成审核，并向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。
2.暂停（终止）办理留抵退税。对于符合退税条件，但纳税人存在增值税涉税风险疑点，或存在未处理的相关涉税事项等情形的，明确先暂停为其办理留抵退税。
（1）如果风险疑点排除且相关事项处理完毕，仍符合留抵退税条件的，税务机关继续为其办理留抵退税；
（2）如果风险疑点排除且相关事项处理完毕后，不再符合留抵退税条件的，税务机关不予办理留抵退税；
（3）如果在进行风险排查时，发现纳税人涉嫌增值税重大税收违法的，终止为其办理留抵退税。在税务机关对纳税人涉嫌增值税重大税收违法问题核实处理完毕后，纳税人仍符合留抵退税条件的，可重新申请办理留抵退税。
3．不予办理留抵退税。经税务机关审核，对不符合留抵退税条件的纳税人，不予办理留抵退税，并向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。
六、在税务机关准予留抵退税后，纳税人应如何进行相关税务处理？
《公告》明确，纳税人应在收到税务机关准予留抵退税的《税务事项通知书》当期，按照税务机关核准的允许退还的增量留抵税额，冲减期末留抵税额，并在办理增值税纳税申报时，相应填写《增值税纳税申报表附列资料（二）（本期进项税额明细）》第22栏“上期留抵税额退税”。
七、如果发现纳税人骗取留抵退税，如何追责？
纳税人以虚增进项、虚假申报或其他欺骗手段，骗取留抵退税的，由税务机关追缴其骗取的退税款，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》等有关规定处理。
