日本是我国第一大农产品出口市场，“肯定列表制度”的实麓，检测标准的大幅度提升，大大提高了我国农产品出口日本的门槛。
有些农产品在“肯定列表制度”实施前后，其农药等残留限量标准有很大变化。“肯定列表制度”实旌前，日本原有的农药等残留管理制度仅对283种农药等规定了9321个限量标准，涉及农产品186种。而“肯定列表制度”中仅“暂定标准”一项就有51392个限量标准，涉及264类食品中的734种化学品残留。农产品出口企业如果不了解这一情况，农药残留超标的可能性非常大；“肯定列表制度”中制定了“暂定标准”而中国无任何限量标准的农药，共405种，涉及187种农产品。中国这些农药等大多数在我国目前市场上能够买到，有的甚至是目前正在推广使用的，对日出口农产品中这些残留物含量很可能超过规定标准。此外，还有几种农药等，中国制定了残留限量标准而日本采用“一律标准”，由于日本的“一律标准”比中国的残留标准严格几十甚至几百倍，因此，在使用这部分农药等时要格外谨慎。
日本“肯定列表制度”不但会对对日出口农产品企业产生直接的重大的影响，而且还波及到这些产品的上游产业、整个产业链，甚至会影响到某些地区的经济发展。影响这些相关人员的收入，就业和相关企业的经济效益，产业部门以及局部地区的发展。以禽肉产品为例，如果禽肉产品出口日本受阻，不但会影响到屠宰加工厂商的利益，而且还会向上影响到养殖场，饲料加工厂。乃至种植玉米，大豆等农民的收益。严重的话甚至会产生大量失业人员，引发一系列社会问题，影响社会的安定发展。中国山东、辽宁、浙江、福建和河北等对日农产品出口的主要产区，对日出口占其农产品出口总量的比例分别高达39％、49％、41％、49％和47％。对日农产品出口受阻将严重影响这些地区的经济发展。
日前，在种养殖场生产环境及农兽药流通市场两方面，我国出口农产品基地的规模和管理水平参差不起，难以实现有效的日常监管，兽医、植保专业人员也无法提供及时的支持。而且我国在农兽药法律法规、农兽药的使用和控制、残留监控体系等方面，尚未建立全国范围的协调一致的监控体系，农兽药使用监管工作的有效性难以保证。如检验检疫部门只能对我国的农产品生产加工企业进行监督。但无法监督兽药生产厂家。生产、销售、使用一些国内外已禁止或停止使用的低效、高残留或降解速度慢的农业化学品，甚至将淘汰的人药用作动物饲料中的药物添加剂等现象在某些地方仍然存在。这些均无法适应“肯定列表制度”对食品生产、流通的要求。
肯定列表制度”下，每种食品涉及的残留限量标准平均为200项，有的甚至超过了400项。由于检测项目增多，企业不仅要增加检测人员，还要购买检测设备。国家质检总局进出口食品安全局预测，对日出口食品平均每批的残留检测成本将增加4万元。通关速度减缓，提高了出口成本。“肯定列表制度”实施后，检验项目大幅增加，而日本对出口日本的食品均要求我国出入境检验检疫机构出具卫生证书，货物抵达日本港口后，日本还要抽查检验，有的产品甚至是批批检验。这样，检验周期必然加长，导致通关速度减慢。出口成本的增加会严重削弱我国食品的出口竞争力，导致部分农产品在日本市场萎缩甚至丢失，最严重的是可能导致部分产业工人失业，企业效益严重下滑，甚至破产、停产。
