中国水果主要以苹果、柑橘和梨为主，种植面积和产量分别占水果种植总面积的53％和水果总产量的60％。水果早、中、晚熟品种不配套，成熟期过于集中，水果季节性供求矛盾突出，果品销售不畅。尽管中国水果质量有一定的提高，但与先进国家相比，中国水果质量总体上偏低。目前中国水果的优质果率只占水果总产量的30％左右；约有55％的“大路货”，价格波动幅度大，销售困难；还有15％的劣质果没有市场，积压滞销。另外，中国水果采后处理技术薄弱。目前，仅有1％左右的果品经过清洗、打蜡、分级、包装后投放市场。而发达国家水果生产几乎百分之百都要进行采后商品化处理。此外，中国果品采后管理极为落后，果品产地预冷、冷藏运输链的建立以及果品冷藏库的建设与果品生产严重不相适应。
近年来，中国水果加工产品出现了加快发展的势头，特别是苹果汁加工业发展很快，柑桔罐头加工也有了新的进展，葡萄酒加工业也开始起步。但由于起点比较低，我国果品消费仍主要以鲜食为主，果品加工比重尚不足水果总产量的10％。水果加工落后还表现为没有或缺少专用的水果加工品种，没有上规模加工原料基地，加工品种严重短缺。
在我国，由于过去长期处于供给短缺状态，普遍存在重数量轻质量的倾向。就水果而言，目前优质果率只有30％左右(其中约有5％属高档优质果)。近年来质量问题是造成中国对东盟水果出口增长放缓、水果贸易由顺差转变为逆差的主要原因。以中国与东盟的水果贸易为例，中国向东盟出口水果虽在成本价格上具有比较优势，但中国水果在东盟市场上并不具备竞争优势。有资料显示，中国出口东盟的主要水果品种中，除苹果市场份额保持微弱增长外，梨和栗子市场占有率呈下降趋势。另外，中国出口东盟水果金额增长率大大低于水果数量增长率，这一现象也恰好折射出中国水果出口面临着严峻的质量问题。对于中国来说，一方面由于生产技。术和检测手段落后，水果难以达到进口国标准，致使出口水果常常受阻或遭退货；另一方面，一些发达国家通过SPS壁垒来实行严格而繁琐的认证检疫制度，为水果贸易设置了层层障碍，提高了水果贸易的门槛，使中国水果出口处于明显的被动地位。
一些发达国家和新兴工业化国家根据((SPS协定》有关条款，凭借其贸易大国的地位和技术优势，通过制定严格的环境保护法规和相对苛刻的技术标准，控制中国水果出口。以风险分析为借口，不断地要求提供补充材料，无端地延长解禁的时间甚至停止进口；提出名目繁多的检验检疫项目；制定苛刻的检验检疫标准；按水果的品种和产地逐个解禁；以保护人体健康为借口，限制进口数量；要求出口国先解决检疫处理方法，经确认后才允许进口。同时他们又趁WTO目前未对国际贸易中关于环境保护问题做出明确规范打“擦边球”，以保护环境为由，对中国实行贸易歧视。
国外实施SPS措施后，大量的中低档水果被迫滞留在国内，市场供过于求的局面随之形成，价格也相应下降，果农和出口商的收益损失加大。根据蛛网理论，水果生产具有周期性，本期水果产量受上一期价格的影响，若上一期水果价格降低，则本期产量会下降，反之则上升。可见，国外实施SPS措施会导致下一年水果供应减少。
随着SPS措施的实施，发达国家对水果质量标准的要求越来越高，特别是欧美等发达国家近年来提出所谓“有机水果”以及类似的“生态水果"、“健康水果"，对水果中化学物质的限量更加苛刻，使一些过去有出口优势的水果在新形势下面临新的挑战。中国水果出口企业为了获得国外绿色标志，要支付大量的检验、测试、评估、购买仪器设备等间接费用，另外还要支付不菲的认证申请费和标志使用年费
等，使中国出口水果成本大为增加。日本2006年5月29日起正式实施的《食品中残留农业化学品肯定列表制度》“暂定标准”一项涉及734种农业化学品、51392个检测指标、364种农副产品，“肯定列表制度’’规定每种食品、农产品涉及的残留限量标准平均为200项，有的甚至超过400项。这些残留控制和残留检测所发生的费用，将使得我国输日水果的成本大幅增加。
