由于中国主要出口到吉国的针织纺织品，例如，服装、鞋靴等，以及其他产品如机械设备、电子设备等的产品质量水平较低，并且其档次也不高，使得吉国消费者对中国产品产生了偏见。随着贸易规模的扩大和商品结构的优化，项目规模逐渐增多，合作模式也呈现多样化，随着贸易的结构正在一步一步地改善，质量不断改良，吉尔吉斯斯坦与中国两国家的在贸易拓宽的同一时间同时，阶段性的改善了贸易商品结构，从传统的工业平均指数低的产品，例如服装和其他纺织品逐步转向将附加值高的商品，譬如家用电器和机械设备和电子产品等。同时，吉尔吉斯斯坦和中国扩大农产品贸易动物产品，动植物蜡食品，植物产品，精制食用油脂，醋及酒，饮料，涉及活动物及动物脂肪及其衍生产品提升他们的交易量双方将继续扩大农产品的贸易总额。
随着近几年两国的发展，吉国所出口的产品结构产生了变化。原来占出口主导地位的资源性产品下降，而农副产品和其他初级加工的产品的比重得到了提升。此外利用“银行间联合体”合作机制，中吉双方正在筹备建设中吉公路水泥厂项目，该合作机制利用的是中国向上海合作组织成员国提供的9亿美元。中国与吉尔吉斯斯坦的产品贸易中种类非常多，但各类产品进出口的优劣势不同，中国向吉国出口的活动物，例如，甲壳动物，可食的肉肠肚杂碎鱼，肉，软体动物及其他水生无脊椎动物，谷物，食品工业残渣废料和动物饲料，烟草和烟草及烟草代用品的制品等等，这些产品中国具有绝对的优势。吉国向中国出口的的产品主要有：虫胶，汁和编结用植物材料，树脂及其他植物液，树胶和其他植物产品，这些产品吉国具有绝对优势。另外，像根及类似品，乳品，蛋品，天然蜂蜜，其他食用动物产品，活树及其他活植物，鳞茎和插花及装饰用簇叶；根及块茎，食用蔬菜，食用水果及坚果和甜瓜或柑橘属水果的果皮；茶，咖啡，马黛茶及调味香料，制粉工业产品，麦芽，淀粉，菊粉，面筋，油子仁及果实，杂项子仁及果实，秸秆及饲料，工业用或药用植物，稻草；动，脂及其分解产品，植物油，精制的食用油脂，动，植物蜡，鱼，肉等，虽然这些产品有一定的竞争力，但是与中国相比，中国在出口这些产品方面上，更具有其地大物博的优势。
中吉国家产业合作中还存在诸多问题需要解决，出口商品结构单一的程度低，不能反映吉尔吉斯斯坦的资源的优势。中国出口到吉尔吉斯斯坦的产品的主要是消费品，而这些商品在吉尔吉斯斯坦本国均能生产，同时进口的这些商品的税率也高于平均水平，这些进口商品的进口税率如服装和其他纺织品一样，都在10％以上同属非农产品，收取比较高的关税；与此同时，农业产品也征收处于国际关税高峰的达15％到20％。如此高的关税，使得中国产品在吉尔吉斯斯坦市场的价格高不可攀。如此，减少了吉国市场对中国产品的需求，阻碍了中国产品在吉国市场中占有率的扩张。除此之外还有吉国的繁杂海关手续，治理环境等这些非关税贸易壁垒，严重影响了进出口以及贸易经济发展。
