一、案件受理
首先上诉人需要向原审法院提交上诉状，原审法院会将上诉状转达给专利法院。专利法院受理案件后，会对请求文件初步审查，若发现上诉理由不够充分时，上诉人会收到法庭的补交文件指令。不同于刑事裁判，在民事裁判中，对于上诉理由书的提交期限，并没有法定期限。由于两周的上诉期限比较紧张，上诉理由书不与上诉状同时提交的情况会比较普遍。虽然没有法定期限，但是在实际的民事裁判中，在收到上诉状之后若发现上诉理由不充分，则会发出“释名准备命令”，其中会指定上诉理由书的提交期限。而对于专利案件的民事诉讼，专利法院则会发出“准备命令”。
上诉人自收到命令后的指定期限（4 周）内需提交包括以下事项的书面准备文件：①一审判决中主张与事实矛盾或适用法律错误的部分；②一审中的上诉人主张与被上诉人主张中没有争议的部分；③一审中提交证据的核心内容及其证明目的；④二审中的新主张、新证据及其证明目的，以及一审中没有提交上述主张和证据的理由；⑤关联事件（同一个专利权等处于审判阶段和诉讼阶段）；以及⑥是否希望和解。
被上诉人自收到记载有上诉人上诉理由的书面文件日起 3 周内提交反驳文件。具体内容包括：①对于上诉人的答辩、上诉人的主张中没有争议的部分；②一审中提交证据的核心内容及其证明目的；③二审中的新主张、新证据及其证明目的，以及一审中没有提交上述主张和证据的理由；④对上诉人的具体主张的反驳，以及对上诉人提交的证据是否认同；⑤关联事件（同一个专利权等处于审判阶段和诉讼阶段）；以及⑥是否希望和解。
如果提交了记载有上诉理由的书面准备材料，裁判长应立即指定辩论日期或者将书面准备材料转送到事先调解程序，如果有必要进行与制定审理计划等程序有关的协商，则需转送到辩论准备程序。
二、案件分类
提交记载上诉理由的书面文件后，法庭将按当即指定辩论日期的案件、需协商程序或指定预审会议的案件、交付提前调解程序的案件等进行分类。对于知识产权等相关案件中涉及人员（原告、被告、诉讼代理人、证人等）为外国人的案件、主要证据调查需用外语（韩语以外的语言）进行的案件以及拥有国际关联性的案件，在获得当事人同意且不会导致审判行程延迟的情况下，法院可允许当事人在法庭上用外语进行辩论，但需要口译人员翻译成韩语。
三、准备程序
对于需要开庭审理的案件，法庭会组织双方当事人召开案件管理会议，为了给诉讼当事人和代理人提供便利，这种案件管理会议主要通过“视频会议”的形式进行。
与一审准备程序中的会议类似，会议中，法院及双方当事人可以对主张和证据的提交期限、庭审日期和次数及每个庭审日的争议焦点、专家证人等证据的申请期限等相关事项进行协商。
四、庭审流程
在庭审时，上诉人与被上诉人依次在 20 分钟以内进行口头辩论，委任诉讼代理人为多人时也需在限定时间内辩论。裁判长可根据具体情况延长或者缩短辩论时间。用于口头辩论的辩论材料等需要在辩论日期的两个工作日之前提交。
当事人可依据需要携带与案件有直接关联的产品（专利实施产品、被告实施产品等），并在裁判长的允许下对产品进行说明与演示。当争议焦点较多时，为了提升审判效率，可以将多个争议焦点合并审理，必要时也可与当事人协商按不同争议焦点来约定辩论日期。特别的，对于双方在权利要求等解释方面存在争议，并且该争议焦点可能影响其他争议焦点或者证据采集等，裁判部可与当事人协商后优先进行权利要求等解释相关的辩论。
