已经被外贸公司认证过的工厂方面可以挂失或者撤销吗？

根据您的描述，已经具备认证资格的外贸公司工厂是无法直接撤销或挂失已经认证的发票的。发票一旦认证后，就被视为有效的凭证，并且无法轻易作废。即使工厂老板后来更改了税号，也不能直接影响到已经认证的发票的有效性。

关于退税出现问题的情况，我可以给您一些建议：
1. 您可以与工厂老板再次沟通，了解他们是否正常申报、缴税并配合您的退税申请。提醒他们必须按照规定的程序申报和缴税，以确保退税的顺利进行。
2. 同时，您可以与国税局的退税人员保持联系，向其详细说明情况，并详细核对您提供的税务申报和退税材料的准确性。请确保您的退税申请文档齐全且正确填写，以避免延误。
3. 如果问题仍然没有解决，您可以向相关税务部门提交正式的申诉或投诉，并提供相关证据来支持您的诉求。

需要提醒的是，具体的税务规定和政策可能因国家和地区的不同而异，所以请您最好咨询专业的税务机构或律师以获取更准确和具体的建议。