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根据今年4月1日全国范围正式执行的《中华人民共和国营业税改征增值税条例》，自2016年5月1日起，运输服务纳税人的增值税税率调整为11%（原来是5%），其中运输服务包含道路货物运输、水路货物运输、航空货物运输、铁路货物运输、多式联运以及定期公共汽车客运等六项。
如果您是正常的纳税人，且符合法律规定，那么公司与物流公司之间的运输服务是要缴纳增值税的。如果您的货物是通过物流公司代收运输费用的，那么增值税就会以货物运输费用的形式计入到您的物流费用中。所以，这笔税是需要正常缴纳的，如果您需要发票，则还需要按照规定开具和领取增值税专用发票。
总之，税费是需要缴纳的，如果您不要发票，仍然需要缴纳税费。建议您和您的客户明确交税问题，选择合法的纳税方式。