运费营改增后碰到的问题

首先，根据国家财政部和国家税务总局联合发文，增值税适用于海运费，且纳税人可根据海运费用金额在境外进口货物应税价格上抵扣增值税，但根据适用的税率不同，增值税的计税方式也会有所不同。

对于您所描述的两种情况，第一种情况是按照普通征税方法计税，即将增值税税额算入海运费总金额中，这是针对纳税人无法抵扣概念税额的情况，适用于一般纳税人和小规模纳税人均可采用。而第二种情况是按照简易征税方法计税，即将增值税税额直接包含在海运费总金额中，适用于海运费税率采用13%的情况，这种方法下，纳税人无需再通过销项和进项明细来计算增值税的税额。

因此，您可以根据您公司的具体情况和税率选择适合自己的计税方式，但需要注意的是，如果您选择普通征税方法计税，您需要按照规定在进项税额中抵扣所支付的增值税税额。