在优势篇中我们可以得知，从申请商标资助的角度考虑，用单一国家申请的方式最多只能获得3000元资助，如果申请国家多于3个，应当尽量采用马德里申请方式才能获得较多资助，最多可以获得20个国家的资助2万元。
但马德里商标注册不完全都是有利的，其弊端也很令人烦恼。
马德里商标注册的弊端
必须有基础商标
马德里商标注册必须基于原属国国内商标注册或国内商标申请。根据《马德里议定书》，申请必须以原属国初步商标申请或注册为基础，而且须以本国相同商标注册为依据，因此对申请时间、申请的商品项目有一定限制。
「中心打击」原则
马德里国际注册程序所注册的商标，如果基础注册或申请在注册日期后5年内被全部或部分驳回、撤回、注销、撤销、放弃或宣告无效，则其效力及于所有指定国家，即该商标不能再请求国际注册所给予的保护，而不论该商标的国际注册是否已经转让。
然而这种打击的后果并不是不可挽救的，根据《马德里议定书》进行的马德里商标注册，可在商标撤销之日起三个月内，向所指定的议定书成员国的商标主管机关提出申请，并按成员国规定缴纳一定费用，将商标的国际注册转变为该国的国内注册。
没有统一的商标注册证书
国际局在收到国际注册申请后，将签发国际注册证，但其效力仅与国内受理通知书相似，而且多数缔约方的商标主管机关在审查后一般也不再签发商标注册证或核准通知书，而只在商标被全部或部分驳回时，才向申请人发出驳回通知书。
所以，申请人只能通过计算驳回期限来推断其商标是否得到有关缔约方主管机关的批准。
没有统一的复审和答辩程序
马德里商标注册申请进入各缔约方的国内审查程序以后，如果被各缔约方商标局驳回商标申请，或者被其他人提出商标异议，国际局不负责转交申请人需提交给缔约方商标局的复审申请书或答辩理由书。
申请人如果需要复审或者答辩，就要委托该缔约方认可的商标代理人提交，并进入各个缔约方分别的国内商标申请流程。
还有一些国家没有覆盖
到目前为止马德里商标体系有106个缔约方，还有一些国家如中美洲、南美洲、中东、非洲、东南亚、南亚的一些国家尚未加入马德里商标体系，国内申请人必须同时通过马德里体系和单一国家申请或者其他地区间知识产权组织等不同方式同时申请商标。
目前尚未加入马德里商标体系的国家举例如下：
东南亚：缅甸
中美洲：巴拿马、尼加拉瓜、牙买加
马德里商标注册有利有弊，商标申请人要根据实际市场需求，科学地规划国外商标注册的方式。
