关于出口退税的问题。

根据中国海关的规定，如果出口企业以自营名义出口，其出口的同一批货物既签货合同，又签订出口合同或协议的情况，是不能申请出口退税的。因此，如果您与2家工厂签订了购货合同，但只与其中一家的职员签订了出口协议，那么这种情况可能仍然会被视为同一批货物既签货合同，又签订出口合同或协议，无法申请出口退税。建议您向当地的海关或退税机构进行咨询，以了解您的具体情况是否符合退税规定。