出口货物到印尼，但货物为自己在印尼的工厂自用，如何操作

对于第一个问题，你可以考虑将货物出口到印尼后再转移至你们在印尼的合资公司，这样可以避免在中国进行核销退税的问题。关于资金安全方面，你需要咨询专业税务律师或会计师等专业人士，以确定最佳解决方案。

对于第二个问题，你可以申请出口转内销，将货物先出口到印尼，然后再转移至自己在印尼的工厂使用。这样可以享受相关的出口退税政策以及关税减免，但需要满足相关要求，如具备出口合同和购销合同等。

关于清关问题，你需要与清关代理或物流公司等合作，以确保货物可以顺利通关。同时，你也需要办理相关的出口手续和文件，例如海关报关单、产地证明、装箱单等。如果需要使用Form E，则需要证明货物的原产地为中国，同时还需要了解相关印尼海关的要求。建议你咨询专业的进出口代理或海关相关部门以获取更详细的信息。