国际货代从境内向台湾支付海运费等

根据您的描述，您公司作为国际货代业务，每月需要向台湾支付海运费和其他杂费。针对是否需要代扣代缴税种，我建议您咨询相关的财务和税务专业人士或机构，他们能够给您提供具体的指导和建议，以确保您的经营合规。

关于台湾和中国大陆之间是否签订过海运双边协定，确实目前并没有相关的具体协议。由于台湾地区和中国大陆的政治和法律体系的差异，业务操作可能会有一些特殊情况和限制。建议您咨询专业机构或律师事务所，以了解具体的法律和政策要求。

至于您提到的境外款项通过国内直接支付的情况，请注意确保支付时符合中国的外汇管理规定和相关税务法规。外汇管理规定包括资金汇入和汇出的规定，您可以咨询中国的外汇管理机构以获取更多指导信息。

总之，针对您的具体业务和情况，我建议您与相关的专业人士进行进一步沟通和咨询，以确保您的业务合规和顺利进行。