报关单上经营单位发货单位不一样财务如何的操作

根据您描述的情况，经营单位为a公司，发货单位为b工厂。一般情况下，如果两者均具有进出口权，可以选择其中一个单位来进行报关和退税操作。

在退税方面，您可以选择让a公司或者b工厂进行退税操作。当然，具体操作可能需要根据当地的退税政策和程序进行。

至于增值税，由于涉及到具体的财务操作和税务政策，建议您咨询专业的税务机构或会计师来获取准确的指导。他们可以为您提供根据当地的税法法规进行操作的建议。

综上所述，请在进行财务操作之前咨询专业人士以确保您符合当地的法律法规，并正确操作。