设立手册
1 企业申请设立手册应向海关提交的单证资料
（1）经营企业委托加工的，应当提交经营企业与加工企业签订的委托加工合同、主管部门签发的加工企业“加工贸易加工企业生产能力证明”；
（2）如果经营企业自身有加工能力的，应当提交主管部门签发的“加工贸易加工企业生产能力证明”；
（3）经营企业对外签订的合同。
2 企业申请设立手册应向海关提交的单证资料
海关总署2016年第56号公告要求，企业应按照合同有效期申报手册有效期，原则上不得超过一年。（没有变化）
3 加工贸易企业申请手册数量
加工贸易企业可根据生产计划和执行情况，向海关申请手册。金关二期未对手册份数进行限制。
4 海关要求企业提供担保
有下列情形之一的，海关可要求经营企业在办理手册设立手续时提供相当于应缴税款金额的保证金或者银行、非银行金融机构保函：
（1）涉嫌走私，已经被海关立案侦查，案件尚未审结的；
（2）由于管理混乱被海关要求整改，在整改期内的；
（3）租赁厂房或者设备的；
（4）首次开展加工贸易业务的；
（5）加工贸易手册延期两次（含两次）以上的；
（6）办理异地加工贸易手续的；
（7）涉嫌违规，已经被海关立案调查，案件尚未审结的。
5 申请设立手册表头“进出口岸”栏应如何填报
企业应当根据合同和生产经营安排如实选择填报有关加工贸易货物实际进出境口岸，“进出口岸”应详细填报有关隶属海关的4位关区代码，不能笼统填报直属海关关区代码（如“深圳海关5300”）。
确因特殊情况无法准确填报的，应当在有关设立手册的书面申请报告中如实说明情况。经海关核准，有关栏目可暂不填报。
6 申请设立手册表头“单耗申报环节”应如何填报
企业申请设立手册时，表头“单耗申报环节”栏目有“出口前”与“报核前”两种填报情形。除经海关核准在报核前申报单耗的企业（如参与“加工贸易单耗自核试点”企业）可填报为“报核前”外，其他企业原则上应填报为“出口前”。
合同备案
1 金关二期没有手册备案资料库
简化金关二期的操作，取消了手册备案资料库，企业直接通过系统开设手册即可。
2 损耗分成无形损耗和有形损耗进行申报
“有形损耗”，指工艺损耗中除无形损耗外的部分。金关二期要求无形损耗和有形损耗分别申报，企业按生产实际分别申报无形损耗和有形损耗即可。
“无形损耗”，一般是指由于物质性质、生产技术、经济等原因，不再进行回收、提取，而是以气体、液体、粉尘等状态排放的部分。
3 净耗、无形损耗、有形损耗、单耗之间的关系
金关二期手（账）册设立时，“净耗”“无形损耗”“有形损耗”等三栏是必填项，而“单耗”为非必填项。
系统将根据企业申报的净耗、无形损耗、有形损耗等三项数据自动核算出总的耗料情况。单耗的数据不会纳入到实际核算中，只是为了便于企业更直观反映单耗。
4 金关二期手册系统中“单耗版本”
“单耗版本”是为了与账册的“单耗版本”统一字段格式而设置的，手册系统中的单耗版本号系统已默认填报为“0”。
5 “单耗版本”备案时间及填报
账册设立时无需备案单耗版本，出口前应备案。企业可自定义单耗版本的编码规则，可以包括数字和字母，4位关区代码，因为“0”是手册统一填写的单耗版本。
6 企业同一成品料号对应不同的客户用料
相同成品料号对应不同用料时，可当作不同的成品申报单耗备案。在填报这些成品的备案信息时，需根据不同客户的用料版本分别填报1、2、3等自然数用作单耗版本号；账册首次备案的成品单耗版本号填“1”。
备案后，这些成品的序号、料号等信息一致，而单耗版本号及对应单耗会有所不同。在后续通关环节，企业应根据货物的实际单耗版本号进行申报，企业也可以根据不同客户建立不同的料号。
7 已备案的成品和料件申请变更信息
金关二期与H2010的备案要求一致。备案通过后，原则上不允许变更备案单位和单损耗。账册成品/料件表体的申报币制一旦申报成功并审批通过后无法变更。
保税核注清单
1 保税核注清单启用后相关申报流程变化
（1）为简化手续，企业办理加工贸易货物余料结转、加工贸易货物销毁（处置后未获得收入）、加工贸易不作价设备结转手续的，可不再办理报关单申报手续；海关特殊监管区域、保税监管场所间或与区（场所）外企业间进出货物的，区（场所）内企业可不再办理备案清单申报手续。
（2）企业已设立金关二期保税底账的，在办理货物进出境、进出海关特殊监管区域、保税监管场所，以及开展海关特殊监管区域、保税监管场所、加工贸易企业间保税货物流（结）转业务的，相关企业应按照金关二期保税核注清单系统设定的格式和填制要求向海关报送保税核注清单数据信息，再根据实际业务需要办理报关手续。
（3）企业报送保税核注清单后需要办理报关单（备案清单）申报手续的，报关单（备案清单）申报数据由保税核注清单数据归并生成。
（4）海关特殊监管区域、保税监管场所、加工贸易企业间加工贸易及保税货物流转，应先由转入企业报送进口保税核注清单，再由转出企业报送出口保税核注清单。
2 保税核注清单的修改、撤销规定
（1）货物进出口报关单需撤销的，其对应的保税核注清单应一并撤销。
（2）保税核注清单无需办理报关单（备案清单）申报或对应报关单（备案清单）尚未申报的，只能申请撤销。
（3）货物进出口报关单（备案清单）修改项目涉及保税核注清单修改的，应先修改清单，确保清单与报关单（备案清单）的一致性。
（4）报关单、保税核注清单修改项目涉及保税底账已备案数据的，应先变更保税底账数据。
（5）底账已核销的，保税核注清单不得修改、撤销。
（6）海关对保税核注清单数据有布控复核要求的，在办结相关手续前不得修改或者撤销保税核注清单。
3 企业按料号级进行申报
不是强制性。但金关二期全面支持料号级管理，企业申请金关二期保税底账时，无须将料号级数据进行归并，可直接申报料号级数据办理业务。这不仅为企业免去了料号归并等不必要的工作，而且可以实现企业和海关管理颗粒度相一致，为关企底账数据相一致创造更加有利的支持条件。
4 自定义报关单的商品序号
保税核注清单表体中的“报关单商品序号”栏，是指归并生成报关单中的商品序号。
非必填项，不填时，生成报关单时将按系统设定的归并原则自动归并，并生成相应的商品项。企业如有特殊需要，可按需填入想要生成的报关单中的商品序号。
5 一项料号的商品拆分成报关单上的两项商品
保税核注清单上一项料号的商品不能直接拆分成报关单上的两项商品。
但可以在保税核注清单上申报两项相同料号的商品，并在保税核注清单表体“报关单商品序号”栏录入不同的报关单商品序号，从而在报关单上申报为两项商品。
6 并为报关单（备案清单）同一商品项
（1）料号级料件同时满足下列条件的可予以归并：10位商品编码相同；申报计量单位相同；中文商品名称相同；币制相同；原产国（地区）相同。其中，根据相关规定可予保税的消耗性物料与其他保税料件不得归并；因管理需要，海关或企业认为需要单列的商品不得归并。
（2）出口成品同时满足下列条件的可予以归并：10位商品编码相同；申报计量单位相同；中文商品名称相同；币制相同；最终目的国（地区）相同。
其中，出口应税商品不得归并；涉及单耗标准与不涉及单耗标准的料号级成品不得归并；因管理需要，海关或企业认为需要单列的商品不得归并。
