印尼海关频繁退证查询对湖企出口影响甚大。以所退证书中一家生产商标带的公司为例，该公司近3万美元的产品本可享受货值5%的关税减免，但因所申请的中国-东盟自贸区优惠原产地证书被印尼海关退证查询并被采取取消关税优惠的措施，收货人不得不缴纳1500美元关税，企业利益受到严重损害。另外一家企业连续3批货物遭到质疑是否符合直运规则的调查，对货物通关和后续征税方面也造成了负面影响。
每年旺季，跨境物流的痛点都被卖家诟病，尤其是近一两个月，跨境电商卖家深受蹂躏——空运没舱位、各线路格外拥堵时效慢，而欧美市场的空运价格也比往年贵上两倍之多，这样的成本涨幅对于薄利多销战略的跨境电商卖家，尤为致命，且直至当前，也没有缓解的迹象。即使这种情况，海关也没有放松警惕。更是加强了监管。最近查出好几起走私案与偷税漏税案，让海关更应该加强监管检查。
中国-东盟自贸区原产地证，是符合中国原产标准的货物在输往东南亚市场时证明“籍贯”的文件。持有该证书可使产品在东盟范围内享受关税减免优惠政策，有效提高出口商品的竞争力，是名副其实的“纸黄金”。据了解，来自印尼海关的“退证查询函”所查询的内容主要集中在质疑原产地证标准、产品是否符合直运规则以及原产地证书内容与发票内容不符等方面。
