40'GP因海关查货晚放行，船公司帐单多了2500多的费用是否合理？

根据您提供的信息，船公司提供的额外费用包括舱租费、船东改船费、封条费、改单费和海关改船费。对于这些费用的合理性，我将逐一解释：

1. 舱租费：舱租费是租用货柜的基本费用，收取舱租费的逻辑是按照租用的时间计算。根据您的描述，货物因为海关查货晚放行了3天多，所以舱租费超出了预期。这部分费用在一定程度上是合理的。

2. 船东改船费：船东改船费指的是船公司因货量、船期等原因调整货物的装船船舶。由于该调整是船公司主动作出的决定，船东改船费的收取是符合规定的。

3. 封条费：封条费是指将货柜进行封条操作所产生的费用，按照您提供的信息，封条费是按照40元每个封条计算的。

4. 改单费：改单费是指在出口过程中，货物的相关信息需要修改所产生的费用。船公司为此收取改单费是合理的。

5. 海关改船费：海关改船费是指海关为了查货或其他原因对货物进行改变装船方式而产生的费用。由于海关查货导致晚放行，船公司收取该费用是合理的。

总而言之，根据您提供的信息，船公司给出的费用是基于船期延误等情况所产生的，从逻辑上看是合理的。不同的船公司、港口和航线可能会有一定的差异，所以您之前的经验不一定适用于这次的情况。如果您对费用有疑问，建议您与船公司进行进一步的沟通和解释。