运费未摊到货品单价上对退税有影响吗

根据中国的退税政策，退税金额是根据出口货物的货值进行计算的，而货值一般是指合同价格或发票价格。运费通常不被视为出口货物的一部分，因此运费不会影响退税金额。

对于您的情况，如果合同和发票上运费与货品单价是分开的，那么退税金额只会根据货品的单价计算，而不会包括运费。因此，运费未摊到货品单价上不会对退税产生影响。

至于多出的运费部分，您需要和货代进行协商沟通，确定具体的费用差异原因。如果是货代的错误导致了额外费用，您可以要求货代退还多出的1000RMB。如果双方协商无果，您可以考虑向相关仲裁机构提起投诉或采取法律措施来解决纠纷。