许可证报关可的是国内公司的，有没有问题

根据中国海关的规定，只有持有出口许可证的企业才能从中国出口货物。如果您的工厂已经取得了出口许可证，那么您可以合法地出口货物到印尼的工厂。至于报关的问题，您可以选择委托第三方报关公司或使用总公司的报关代理，以确保报关流程的顺利进行。不过，您还需要注意遵守相关国际贸易和海关法规，如正确填写海关申报单、合规地使用美元等。最好能够咨询专业的贸易服务机构或律师的意见，以确保您的出口业务合法、规范。