2份报关单，一张有改单，退税的问题

根据您提供的信息，可能存在以下几种情况：

1. 报关单修改后没有及时更新系统，导致财务查询到的预录单号仍为原来的编号。这种情况下，您需要及时联系报关代理或者申请人，让其更新系统中的信息，并确保修改后的预录单号正确地反映在退税申报单上。

2. 修改后的预录单号不是有效的预录单，或者已被其他企业使用，导致无法完成退税申报。这种情况下，您需要联系报关代理或者申请人，让其提供正确的预录单号，或者重新申请一份新的预录单，并及时更新系统中的信息。

3. 修改后的预录单号虽然正确，但由于某些原因（如政策调整、系统问题等），未能及时获得退税资格，导致无法退税。这种情况下，您需要咨询海关或者退税机构，了解退税政策和退税资格的变化，并按照规定进行申报和操作。同时，请注意及时更新系统中的信息，并保留好相关的单据和证明材料，以备查验。

总之，无论出现何种情况，都需及时与报关代理、申请人、海关或者退税机构联系，沟通解决问题，并按照规定进行申报和操作，确保退税流程顺利进行。